По результатам 19-го тура ФНЛ последние путёвки в Кубок ФНЛ получили владивостокский «Луч-Энергия» и московское «Торпедо».
Ранее места в турнире, в котором участвуют 8 лучших команд лиги по итогам первого круга, завоевали саранская «Мордовия», владикавказская «Алания», тульский «Арсенал», ярославский «Шинник», «Уфа» и хабаровский «СКА-Энергия».
3-й розыгрыш Кубка ФНЛ пройдёт в феврале 2014 года в Турции.