Калининградская «Балтика» и воронежский «Факел» сохранили место в ФНЛ в сезоне-2019/20, несмотря на то что оказались в зоне вылета.
Это связано с отказом от повышения в классе победителя группы «Восток» второго дивизиона — южно-сахалинского «Сахалина» и невозможностью вылетевшего из премьер-лиги махачкалинского «Анжи» играть в ФНЛ по финансовым причинам.
Таким образом, из ФНЛ вылетели только 3 команды — «Тюмень», новосибирская «Сибирь» и петербургский «Зенит-2».
Из второго дивизиона поднялись московское «Торпедо», ивановский «Текстильщик», песчанокопская «Чайка» и нижнекамский «Нефтехимик». Из премьер-лиги опустился красноярский «Енисей».
